首先脑彩超与核磁共振的成像原理不同，脑彩超是利用声波成像的原理性，磁共振室则核子自旋运动是磁共振成像的基础。脑彩超可重复性好，可评价颅内外血管血流速度、血流方向、血管壁的弹性，对脑部血管狭窄闭塞诊断具有重要价值。磁共振血管成像无需造影剂，对诊断脑炎、脑梗塞、脑肿瘤、脑血管病价值高，尤其超急性期脑梗塞。彩超的检查方便快捷，费用相对于核磁共振来说是低的，检查时间也比较短。核磁共振的检查时间相对于彩超时间久，另外如果患者体内放置过金属样的植入物，是不可以做核磁共振的。