怀孕40天属于妊娠的早期，这个时候如果孕酮偏低，很容易导致先兆流产、流产、胚胎停止发育。但是每个孕妇孕酮的数值或者同一孕妇在不同时间段是不一样的，所以出现的后果也存在一定的差别。

孕酮的主要作用在子宫，会引起子宫产生分泌的变化及肌纤维的松弛，对受精卵着床和维持妊娠起着非常重要的作用。孕酮如果分泌不足，会使子宫内膜的分泌受到影响，就会影响胚胎的生长发育。

所以，在怀孕早期出现孕酮低的情况，还需要及时化验HCG，然后根据检查结果进行保胎治疗。