肛瘘并非什么时候都能够做手术，选择比较好的手术时机，可以缩短术后恢复的时间。

一般情况下，建议患者选择在肛瘘发作间歇期时进行手术。此时局部感染症状比较轻，瘘管组织相对明显，手术创伤也会比较小，所以术后恢复也会相对偏快。而对于肛瘘处于急性发作期时，比如急性出现化脓性感染，可以先采用抗感染治疗，待急性发作症状缓解后再行手术。但如果经保守治疗急性感染症状无法缓解的情况下，也需要及时行手术治疗，需要将瘘管切开排脓。

另外，对于一些特殊类型的肛瘘，例如结核性肛瘘或者克罗恩病所引发的肛瘘，需要控制原发疾病后再行手术。