肛瘘流脓最好做手术。得了肛瘘，由于炎症、感染刺激，外口会有脓性粘液分泌物溢出，流脓是肛瘘的主要症状。

长期不治疗，有时外口封闭，脓液会在肛周其它皮肤处破溃，再次形成肛瘘，由简单性肛瘘演变为复杂性肛瘘，给后期治疗带来困难。脓液不断地刺激肛周皮肤，会出现瘙痒、肛门湿疹。

肛瘘长期不治疗，慢性炎症刺激，局部形成硬结，会有癌变的风险，所以肛瘘流脓要及时进行手术治疗。