流感病毒肺炎可引发其他疾病，例如患者可以继发肺部的细菌混合感染，常可见到由肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌导致的肺部细菌和病毒混合感染，从而使患者病情更加严重。部分重症流感病毒肺炎还可以继发呼吸衰竭，严重者可以导致多脏器的功能损害。

此外，流感病毒还可以导致患者出现病毒性的心肌炎，甚至进展为扩张性的心肌病、心力衰竭、心律失常等情况。少数患者还可以出现瑞氏综合征以及脑炎、急性脊髓炎以及横纹肌溶解等。还有少数流感病毒肺炎可以引起吉兰-巴雷综合征等。

流感病毒肺炎因其感染的程度不同，所引起的相应并发症或疾病亦有不一样。故此类患者要加强防治相应的并发症，加强综合的支持对症处理。