葡萄膜炎和角膜炎就病变部位而言，葡萄膜炎的病位在葡萄膜，分为前葡萄膜炎、中间葡萄膜炎以及后葡萄膜炎。角膜炎的病变部位在于角膜。

二者的临床症状类似，都可以导致明显的眼红、眼痛、畏光、流泪、视力下降等疾病，但葡萄膜炎伴有虹膜睫状体炎的相应体征，比如虹膜脱色素、瞳孔缩小、瞳孔粘连、角膜后KP等。

角膜炎可伴有角膜水肿浸润，甚至形成角膜溃疡等。二者主要从体征上进行鉴别，就发病原因而言，角膜炎可由感染导致，葡萄膜炎可由感染以及免疫相关性疾病导致。