在进行新冠肛拭子采样的时候，操作流程相对较简单。首先，要和患者说明情况，让患者充分放松。然后让患者取侧卧位，患者让患者趴着，双手稍微的分开臀部，暴露出肛门即可。

采集者用采集的棒头，充分用生理盐水蘸湿，然后贴着直肠壁插入肛门约3~4cm，然后以顺时针或逆时针的方向旋转2圈，整个过程通常持续10秒钟左右即可。

完成以后，要将其放入一个密封的容器中，然后用精密的仪器进行检测。整个过程通常并没有明显的痛苦，进行完毕后告知患者即可。