亚急性甲状腺炎恢复期较长，其病程时间不定，一般需要2-3个月左右，该病的自然病程分期包括甲亢期、甲减期及恢复期，在疾病早期，起病急，病毒感染后甲状腺细胞被破坏，储存的甲状腺激素释放到外周，血中甲状腺激素明显高于正常，此为甲亢期，病程一般不超过4周。

此后，由于储存的甲状腺激素在早期大量释，放导致中期出现甲减的相关症状，可持续数周至数月，具体时间要根据患者甲状腺损害程度及患者自身体质而各有差异。

之后症状得到缓解，甲状腺逐渐修复，部分患者可遗留甲状腺小结节或溶解吸收，极少数转为永久性甲状腺功能减退，综上亚急性甲状腺炎恢复期较长，且存在个体差异。