停经三个月原因有很多，如果是有性生活的育龄女性停经三个月，首先考虑是妊娠引起的停经，这是最典型的症状，可以通过验孕试纸或者抽血进行判断。

如果排除怀孕可能是内分泌失调引起的激素分泌紊乱，会直接影响到正常的月经周期。偶尔的月经紊乱属于正常，如果经常出现紊乱需要及时调理。

另外还可能是多囊卵巢引起的停经，卵巢功能会出现异常，可通过药物治疗。还可能是更年期女性正常闭经，需要结合其他症状综合诊断。