阴茎根部有痘痘可能为皮脂腺囊肿所引起，通常是由于男性平时经常穿紧身内裤，或者是长时间待在湿热的环境下，容易导致阴茎根部多汗。汗液长时间聚集，致使毛囊腺梗阻，进而造成汗液无法排出，长时间淤积在毛囊部位，容易引起阴茎根部产生炎性反应，就会出现阴茎根部长痘痘的情况。

还可能为皮脂腺异位症所引起，由于阴茎部位的皮脂腺腺管阻塞，导致皮脂腺所产生的分泌物不能顺利排出，长时间堆积在皮下组织，就容易在阴茎根部形成痘痘。

因此，当阴茎根部出现痘痘时，应及时明确诱因，针对诱因对症处理。