细粒棘球蚴病导致的并发症有很多，比如感染人体后，可以诱发人体发生过敏反应，患者可以表现为荨麻疹的症状，有些患者可以表现为血管神经性的水肿。极少数患者的反应比较强烈，可以表现为过敏性休克，危及患者的生命。

细粒棘球蚴可以寄生在人体的肠道内，对肠道造成破坏，导致患者发生肠道粘连，严重的患者可以导致粘连性的肠梗阻。

细粒棘球蚴会寄生在肝脏内，导致患者发生肝脏肿大，患者可以表现为肝区疼痛的症状。