细粒棘球蚴病的主要后遗症就是寄生虫性的囊肿。

囊肿可以发生在人体的多个部位，但是主要发生在患者的肝脏部位。肝脏的囊肿增大后可以导致患者出现肝区的疼痛，病情严重的患者可以出现肝功能的异常。细粒棘球蚴导致的囊肿还可以出现在患者的胸部，导致患者出现胸痛的后遗症。

少数患者会发生颅内的寄生虫病，导致患者发生颅内的囊肿，患者可以出现头痛的症状，病情严重的伴有恶心、呕吐，有些患者还会出现癫痫的后遗症。