头疼，呼吸困难的原因有以下几点：

1.神经官能症。发病的时候会出现明显的自觉症状，例如头痛、呼吸困难，并伴有胸闷、气短等。通过自我调整、心理治疗等改善症状，严重的患者需要使用抗精神病相关的药物。

2.脑出血。当出现脑干出血的时候，由于发生了脑膜刺激征，患者会有头疼症状，呼吸中枢受到抑制而出现呼吸困难，通过CT检查可确诊。

3.如果患者在一个封闭的空间内，由于氧含量减少，患者也会出现头疼、呼吸困难等症状。