肛瘘属于非自限性疾病，一旦诊断明确，不论是低位肛瘘、高位肛瘘、单纯性肛瘘还是复杂性肛瘘，均需要通过手术治疗方能治愈。

药物保守治疗仅能缓解症状，这是因为肛瘘是肛周脓肿的后遗症，肛周脓肿破溃或切开引流后多形成肛瘘。

原因就是原发感染病灶即肛瘘的内口继续感染，慢性炎症反复刺激使脓腔纤维化，加上肛门括约肌收缩使瘘道弯曲而造成引流不畅，因此只有通过手术正确处理内口，使其不再感染，才能治愈肛瘘。