首先肛瘘很难自愈。一旦确诊就应该准备考虑手术治疗，以免因为反复发作，病情加重后在手术，这样会增加患者的组织器官和功能的损伤。所以，对于有肛瘘的患者，建议早期去医院进行治疗。因为肛瘘如果不治疗，有可能会使一些原本低位单纯性肛瘘而发展为低位复杂性肛瘘。手术的方式有很多种，主要是根据肛瘘的类型而选择相应的手术方案。手术的原则主要是保护患者的肛门功能，避免肛门失禁。