棘阿米巴性巩膜炎是棘阿米巴性角膜炎的并发症，本病比较少见，但病程长，发展缓慢，症状一般较重。

本病治疗上主要是抗感染治疗，常用药物有咪康唑或强化新霉素。本病治疗疗程长，疗程4月以上。糖皮质激素的应用有恶化病情的危险，因此一般不用。

若角膜基质浑浊，患者眼部感染已经完全控制，炎症消退的情况下，可行穿透性角膜移植。感染蔓延到巩膜炎时，药物或者手术治疗的效果都不好，预后不良。