肩胛骨囊肿具体的治疗方法，要根据患者的疾病严重程度进行判断。

如果肩胛骨囊肿比较小，并且也无明显临床症状，主要是以观察为主，并且定期复诊。也可以采用局部理疗或者封闭治疗，缓解疼痛现象。

但如果肩胛骨囊肿较大，并且已经导致活动受限，可以采用手术治疗。手术的方式，主要是以囊肿刮除术，并且在刮除之后进行植骨，同时要特别注意局部防护。

目前，肩胛骨囊肿只能用手术的方式，进行彻底治疗，临床上并没有特效的药物，针对这种疾病进行治疗。