三个月小孩经常摇头晃脑，多考虑可能是由于头皮部位存在湿疹所引起。尤其是本身就属于过敏体质小儿，容易出现湿疹反复发作。

当头皮部位出现湿疹后，由于长湿疹部位瘙痒不适，就会出现摇头晃脑现象，目的是通过摇晃头部缓解瘙痒不适感。也可能是由于缺乏维生素D或钙剂所引起，当小儿机体当中严重缺钙时，可导致神经兴奋性增高，就容易出现头部多汗、烦躁不安等表现。尤其在刚入睡不久头部出汗较多，汗液刺激导致头皮瘙痒，也会出现摇头晃脑现象。

此外，还可能是耵聍栓塞导致耳部不适、耳鸣所引起，建议及时就诊。