女性在检查彩超以后，如果发现有卵巢巧克力囊肿和输卵管积水，那通常都需要根据积水的严重程度，以及巧克力囊肿的大小情况，再结合女性的年龄和生育情况来综合选择治疗方案。

比如女性是在生育年龄，而且还有生育要求，但巧克力囊肿已经超过5cm，输卵管积水也特别严重，需要通过行腹腔镜手术来治疗。有可能是直接将积水的输卵管切除，同时将卵巢巧克力囊肿剥离。

但如果女性的年龄已经超过45岁，而且输卵管积水不严重，巧克力囊肿也小于5cm；同时，也没有特别明显的腹部疼痛症状。也可以暂时不做特殊处理，而是定期常规复查彩超。