头颈部CTA和磁共振存在很大的区别：

从检查原理，头颈部CTA是利用CT完成的检查，核磁共振是应用核磁完成的检查。

从检查的目的和手段，头颈部CTA主要是看头颈部的血管成像，它是一种无创的血管成像检查手段。核磁共振是利用质子运动的原理，来检查身体部位的软组织有没有异常的改变，用于脑部组织的检查比如肿瘤、梗死、癫痫、炎症、出血等以及大脑发育异常或结构异常。

所以，这两者之间存在着很大的差异和根本的区别。