吃苹果肚子疼的原因主要有两方面，具体如下：

一方面可能是患者消化系统本身的问题。比如患有慢性消化系统疾病或者消化性溃疡等，进食苹果后由于胃酸分泌增多，就会造成原有病情加重，进而引起阵发性腹痛现象，有时还可能会伴有反酸、恶心、呕吐等。

另一方面可能是苹果的问题。比如苹果变质或者腐败，进食后可能就会引起急性胃肠炎发作，或者急性感染性腹泻等，导致腹痛、腹泻等临床表现。如果有些患者对苹果过敏，也会出现食物过敏现象而引起腹痛。需要针对不同的病因，给予相应治疗。