女性小便时尿道刺痛，可能是以下原因所导致：

1.尿道结石。由于尿道结石会对尿道的黏膜组织造成损伤，在排尿过程当中就会出现尿道刺痛，通常还伴有排尿无力、尿线变细等症状，可通过泌尿系统超声检查进行明确诊断。

2.尿路感染疾病。比如急性的膀胱炎或者是尿道炎等，由于存在细菌感染，会对尿道或者膀胱造成刺激，就会产生排尿疼痛、尿频等症状。在确诊以后应尽早地进行抗感染治疗，避免感染进一步的加重。

3.女性小便疼痛还有可能为尿道肉阜合并感染所导致，将感染控制住后，应当通过手术将尿道肉阜切除。