颈椎核磁共振和颈椎CT两者的成像原理不同。磁共振是通过体内氢质子的不同弛豫时间来成像；CT是通过X射线穿过人体后的不同密度来成像。

磁共振检查是没有辐射的；CT检查过程会有射线产生。

两个检查在颈椎扫描显示的侧重点也有所不同。磁共振检查在颈椎软组织的显示方面、脊髓的显示方面都高于CT；而CT在椎体的显示和钙化的显示上要优于磁共振。另外，磁共振检查有一些禁忌证，CT检查没有。