化脓性鼻窦炎在治疗时，如果想要通过药物治疗，可根据疾病的种类以及临床表现选用下列几种药物：

1.抗生素类药物或磺胺类药物，此类药物主要应用于急性化脓性鼻窦炎的患者。药物足量、足疗程的使用，可以有效的控制鼻窦腔内的炎症感染，缓解因为病情急性发作所引发的高热、鼻塞、脓性鼻涕以及头晕、头痛等症状。

2.减充血剂类的药物以及黏膜促排剂类的药物，则是慢性化脓性鼻窦炎的常用药物。此类药物可以促进鼻腔内充血、水肿的粘膜的消退，改善鼻腔不适症状。