肾囊肿和肾结石的结构不同，肾囊肿是肾脏本身出现了囊性的病变，发病的原因可能和先天发育异常有关。肾结石是尿液内的物质形成的结晶，不是肾脏本身的疾病。

肾囊肿和肾结石的临床表现也不同，肾囊肿大多数没有明显的症状，也不需要进行特殊的治疗，只需要定期地观察即可。肾结石的患者需要适当地治疗，没有症状的患者要注意多饮水，有症状的患者要给予止痛的药物治疗，吃口服药物促进结石的排出，严重的肾结石还需要给予手术治疗。