颅脑先天畸形主要是由于外界的致病因素，引起胚胎期神经系统发生或者发育上的缺陷或者畸形。一般认为在胎儿的早期，尤其是3个月以内受到致畸因素的损害而引起得病。常见的致畸因素主要有：

1、感染：细菌、病毒或者原虫经过胎盘产生胎内先天性感染，常见的有风疹、唾液腺包涵体病和弓形虫病，它们不仅引起胎儿脑膜炎及脑部钙化灶，还可以造成先天性心脏病、脑发育异常、脑积水等。

2、药物：导致胎儿畸形的药物主要包括男性腺激素、肾上腺皮质激素、抗甲状腺药物等。

3、辐射：母亲怀孕4个月内，X线射线或者γ线辐射可导致畸形，以小头畸形最为多见。

4、其他因素：比如孕期严重营养不良、糖尿病等均可以导致。