亚急性甲状腺炎应该与桥本氏甲状腺炎，急性化脓性甲状腺炎，以及结节性甲状腺肿囊内出血相鉴别。桥本氏甲状腺炎的患者少有甲状腺疼痛，并且甲功5项中的抗体会增高。亚急性甲状腺炎颈部疼痛感明显，血沉增快，一般不伴有自身抗体的增高。急性化脓性甲状腺炎，可以出现颈部疼痛感。但是其会伴随着白细胞增高，或者身体其他部位出现脓肿病灶。在超声检查中甲状腺与周围组织也存在明显的感染反应。结节性甲状腺肿囊内出血时，可能会有颈部疼痛。与亚急性甲状腺炎鉴别困难。但是超声检查可以很直观的观察到囊内出血的情况。