长时间咳嗽的原因有很多，比较常见的主要是真菌、细菌、病毒感染所致的肺部炎症。其次，急性慢性支气管炎、喉炎、咽炎等疾病，也有可能会引起长时间咳嗽。

若在咳嗽的同时伴随身体乏力、消瘦、午后低热、夜间盗汗等症状，也有可能与肺结核有关。支气管哮喘、慢性阻塞性肺病、支气管扩张，都有可能会引起长时间咳嗽。心脏方面的疾病，比如左心功能衰竭，也有可能会引起这种症状。

长时间咳嗽也不排除与胃食管反流病有关，同时还有可能会伴随反酸、打嗝、胃胀等症状。上气道咳嗽综合征，也会使咽部反复受到上呼吸道分泌物的反流刺激，从而引起长时间咳嗽。