靶向药物治疗也有副作用，只是相对化学药物治疗比较少。任何药物都有副作用，不同的药物副作用不同。

抗HER-2表达的药物可以导致肝脏和肾脏损伤，胃肠道不良反应常见的表现有恶心、呕吐、腹泻、腹胀等。抗血管生成治疗胃癌的靶向药物，可以导致高血压、自发性出血、肝脏和肾脏损伤。

过敏反应也是靶向药物治疗中常见的副作用，停药或者减少药量使用可以缓解。皮肤毒性是靶向药物最常见的副作用之一，常见的临床表现为指甲改变、口腔溃疡、甲沟炎、皮疹等。