几乎所有的病毒感染都可以引起心肌炎，其中以肠道病毒和呼吸道病毒最为多见，肠道病毒中以柯萨奇病毒占绝大多数。

人类腺病毒的感染也是很常见的一种病毒，其它的比如巨细胞病毒、疱疹病毒、流感或副流感病毒、腮腺炎病毒、艾滋病病毒等的感染也是引起心肌炎的原因。各种病毒进入心脏后可以直接造成心肌组织的损伤甚至坏死。

另一方面可以通过病毒引发的免疫反应造成心肌组织的损伤。病毒性心肌炎相对也是比较严重的心脏病之一，一旦确诊就需要严格的、合理的治疗。