胎停的原因很多，免疫因素会引起的胚胎停育，但相对较少，而且目前还没有办法明确诊断。

免疫学理论是指母亲怀孕后，由于胎儿是父母遗传物质的组合，母体不能完全相同被认为是同种异体移植，母体和胎儿免疫力不适应，就会使母体产生对胎儿出现排斥。另外，夫妇中的染色体失衡，很容易导致胚胎中的染色体异常，并造成胚胎停育。胚胎染色体异常的机制，在夫妇染色体融合过程中，染色体片段容易丢失或重复，从而导致受精卵的染色体异常，不能正常发育，而导致流产、畸形儿、死胎等。

在怀孕的早、中期，还可以进行产前诊断，看是否存在胎儿染色体异常。