肛瘘的主要症状即是肛周反复流脓、肿痛，当肛瘘瘘管内出现急性感染时，瘘管内就会积脓，无法排出时，就会导致患者局部出现肿痛症状。当瘘管内脓液压力达到一定程度时，就会将外口撑开，导致外口处流脓，随之疼痛症状出现缓解。

肛瘘还可以在肛门周围局部摸到条索状硬块，这是瘘管的慢性炎症所导致的。

反复的流脓还会导致患者肛门出现潮湿，严重的会导致湿疹，伴有瘙痒症状。

肛瘘还有可能由于长期的迁延不愈，会导致患者一些全身症状，比如便秘、贫血、消瘦、精神萎靡等等。