造成先天性畸形的原因很多，各种原因均可以引起精子、卵子、受精卵、胚胎发育障碍，导致出生时患儿全身器官在形态以及功能上表现为异常主要原因。

1.遗传因素。高龄产妇、怀孕的次数、近亲结婚等均可以导致胎儿畸形，遗传因素是引起先天畸形的主要原因。

2.环境因素。大量的吸烟、饮酒、接触化学性物质等，可以导致精子及卵子染色体出现异常，导致先天畸形的发生。

3.其它的因素。怀孕期间母亲应用毒性药物等因素，可以导致先天性畸形，先天性畸形是多种因素所造成。