先天性扁平足可以通过治疗改变，治疗后功能会有明显的改善。先天性扁平足患者可以通过手术治疗，手术治疗以解除引起功能障碍的疼痛为目的。

根据扁平足的病因不同可采用不同的手术方式，包括扁平足成形术、内侧楔骨跖屈截骨术、三关节融合术、跟骨后部移位截骨术、跟骨前部延长撑开腱膜截骨术、中关节面跗骨联合切除术、距下关节融合术、距下关节制动术等。

先天性扁平足患者还可以通过矫形鞋或矫形鞋垫治疗，对于有疼痛的韧性扁平足，可以使用矫形鞋或矫形鞋垫治疗。