肺部真菌感染在治疗上是有一定难度的。但是如果是早期发现的，肺部的病变范围不大。患者基础免疫状况良好，这种肺部真菌感染性疾病比较容易治疗好。现在的肺部真菌感染多见于年老体弱、免疫力低下的人群，或者是需要长期使用糖皮质激素，例如类风湿性关节炎的老年人，这种情况在治疗上有一定的难度。

肺部的真菌感染在治疗上可以使用抗真菌的药物，如果合并细菌感染还需要使用抗生素。

在治疗的同时还要控制好患者的基础疾病，并且要加强营养支持治疗，必要时可以注射人血白蛋白提高免疫力。