本病是孕母在妊娠期间酗酒，对胎儿所造成的永久性出生缺陷，程度会按母亲喝酒的份量、频率及时间所影响。

酒精就是乙醇会进入胎盘，并阻碍胎儿的成长及体重，造成独特的脸部小斑，破坏神经元及脑部结构，永久性地对中枢神经系统破坏，并引起体质、心智或行为等问题。

因为中央神经系统受损是永久的，故此疾病一般不能治愈。只能尽最大努力改善生活质量，唯一肯定可以防止胎儿酒精综合症的方法是在妊娠期间避免喝酒。