巧克力囊肿是否能同房，需依据患者的情况而定。

巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的病灶，位于卵巢部位的常见类型。这种情况下，易出现慢性盆腔痛、性交痛和继发性痛经以及不孕症等表现。如果囊肿未治疗，患者易在同房时感觉明显的疼痛不适，这无论从心理上，还是生理上对同房都会产生恐慌。

但如果巧克力囊肿治疗以后，患者症状消失，这种情况下是能同房的。因此，是否能同房还需依据患者的自我感受而定。另外，对于巧克力囊肿的治疗，往往是给予手术治疗后并系统性药物治疗，可进一步防止疾病的复发。