扁平苔藓目前的发病机制不是很明确，可能是由于机体的免疫系统亢进而引起的一种疾病。

例如，对于一些使用银汞合金补过牙的患者，可能会由于一定的刺激性，而在补牙周围的黏膜处患有扁平苔藓。这一般是由于一定的刺激因素而造成机体的免疫系统紊乱，从而引发口腔黏膜的条纹状改变，并伴有糜烂、溃疡等表现。

由于一般女性的免疫系统相对于男性更亢进一些，所以扁平苔藓的发病人群女性多于男性。目前临床上把黏膜部位扁平苔藓看做一种癌前病变，所以对于扁平苔藓的患者，在发病后要进行积极的治疗。