两者的区别主要是发病原因、症状、治疗上的不同。

扁平苔藓的发病原因和机制目前尚不清楚，目前认为与病毒感染、自身免疫等有关系。而扁平疣是由于人乳头瘤病毒感染引起，一般与人体抵抗力下降有关系。

扁平苔藓的临床表现为紫红色的扁平丘疹，丘疹表面可以见到典型的白色网状条纹。扁平苔藓好发于身体的曲侧，也可累及黏膜，如口腔、外阴等处。扁平疣的临床表现为肤色，或者为淡褐色的扁平丘疹，丘疹的体积较小，表面较光滑，没有鳞屑。

治疗上，扁平苔藓一般外用糖皮质激素，严重者可以口服维A酸类药物等。而扁平疣可以使用二氧化碳激光或者液氮冷冻去除。