胚胎发育异常肯定会流产的。

因为胚胎发育不正常就会优胜劣汰，会停止发育，发生流产，但是自然流产可能会出现流产不全的情况，所以如果胚胎发育流产后，一定要去医院做B超检查是否流产干净了，如果有残留的组织物，可以服药物促宫缩或是清宫排出干净。

胚胎发育异常可能和精子、卵子质量不好以及母体疾病、接触有害物质、染色体异常等引起的，要及时去医院检查导致胚胎发育不良的原因后治疗，并且至少需要半年后才可以再次怀孕，要做好孕前的检查。平常要注意多吃维生素含量高的食物。