甲真菌性的并发症有很多种：

其中，最常见的就是指甲周围的疾病，由于真菌感染会造成指甲以及指甲临近的皮肤粘膜防御屏障受到破坏，容易滋生细菌引起局部的感染。有可能会造成甲沟炎或者是指甲周围的脓肿，会引起局部皮肤粘膜的红、肿、热、痛以及脓性分泌物等症状。

另外，还有可能会造成指甲的营养不良，引起指甲质地脆弱，指甲变薄。

其次，还有可能会把真菌传染到身体其他的地方，造成相应部位的皮癣，严重的还有可能真菌会通过指甲部位，入侵血液系统造成全身性的炎症，比如菌血症、脓毒血症等。