三个月宝宝体检要做如下检查：

第一，一般测量。包括身长、体重、头围、胸围及前囟的测量，以便于评估宝宝生长发育情况及囟门闭合情况。

第二，常规体格检查。包括皮肤及口腔黏膜的检查、颈部有无包块、眼睛及耳朵外观有无异常，胸廓的检查、心、肺、腹的视、触、叩、听、脐部的检查，以及四肢肌力、肌张力等中枢神经系统检查和肛门、外生殖器的检查等。

此外，还需详细询问宝宝的喂养及睡眠情况、有无患病、有无补充维生素D及进行室外活动等。