肛门有脓性分泌物，不一定是肛瘘。也见于肛门周围皮肤感染、肛门湿疹、肛周化脓性汗腺炎、肛门癣等。

肛瘘导致的肛门脓性分泌物的特点是呈持续性或者间歇性，比较固定的自外口排出，其中夹杂着粪便残渣、气体和血性分泌物，呈周期性发作，经久不愈。排出的脓性分泌物腐蚀性较重，可刺激肛周皮肤感染和湿疹样变。

肛门湿疹是肛周皮肤过敏性疾病，也能造成局部潮湿、粘滑、骚痒感。在采取抗过敏治疗，症状很快消失，有别于肛瘘。