导致肛瘘术后有脓性分泌物可能有以下两种情况：

第一种是属于正常现象，因为肛瘘手术切口大多为开放切口，而开放切口容易受患者粪便的影响，导致切口有浅层的感染，而且切口内也会有持续的渗出，就有可能会导致有脓性分泌物。患者只要注意及时清理脓性分泌物，待切口愈合后症状就会消失。

第二种是由于肛瘘内口未完全处理导致，一些复杂性的肛瘘有可能会有多个内口或者多根瘘管，在手术时如果遗漏内口或者瘘管的处理，就会导致有脓性分泌物，术后就有可能会出现肛瘘复发，需要再次手术。