巧克力囊肿是由于具有生长功能的子宫内膜组织，长在了子宫腔以外的部位。这个时候大都是长在卵巢上面，卵巢上面的这些内膜也会随着女性月经来潮，发生周期性的脱落。

由于在卵巢上面它脱落不出去，就会在局部形成出血，然后再缓慢的吸收，导致周围的纤维组织增生、粘连。然后出现紫褐色的斑点或者是小泡，最后能够发展成大小不等的实质性的疤痕样的结节，或者是形成囊肿。

这样的囊肿里面是一些粘液性咖啡样的液体，所以也称之为巧克力囊肿。如果患者有囊肿的同时，伴有进行性加重的痛经，这种情况下需要做手术治疗。