肛门尖锐湿疣主要由于长期肛门部皮肤不洁或分泌物刺激、摩擦而引起皮肤慢性炎症性损害，继而感染人类乳头瘤病毒所致。该类病毒在人体潮湿温热部位容易生长繁殖。所以肛门生殖器部位是最常见发病部位。人类乳头瘤病毒的主要传染途径是性接触传染，在与尖锐湿疣患者性接触后约2/3的人会被感染，也可能因接触尖锐湿疣患者的分泌物或污染物而间接感染。免疫力低下或长期的肛周疾病（如肛周瘙痒）降低了局部皮肤的屏障作用，更容易感染该病毒。调查表明，肛门瘙痒、公共浴池的公用毛巾、不安全的性接触、肛周疾病等可能是发病的促进因素。