首先真菌感染形成肉芽肿，药物治疗难以消除，最好结合手术切除为主要手段。

手术前后需要抗真菌药物治疗，积极治疗对原发感染灶。中药有当归苦参丸、连翘败毒丸等。还可以根据患者病情严重程度及自身体质，把脉辨证施治后给予个体化治疗方案。

如本病由引起深部组织感染的真菌侵入脑内而形成。关于药物治疗方法，目前治疗真菌的药物有两性霉素B、氟康唑、氟胞嘧啶等。对不同的真菌需用不同的药物，可以合并用药，如隐球菌致病，可用两性霉素B和氟康唑合用，则疗效更佳。