心源性的脑血栓是由于心脏疾病引起，可见于多种疾病。

最常见的疾病为心房颤动，也可见于先天性心脏病、心脏瓣膜病、心脏粘液瘤、严重心律失常、室性心动过速、心肌梗死等。

房颤引起脑血栓，是由于患者心脏内附壁血栓脱落，引起脑内某一血管堵塞，导致患者脑血栓形成。

心肌梗死、严重心律失常引起脑血栓，是由于患者心脏泵血量减少，引起脑部缺血、缺氧，严重时引起脑组织缺血性坏死软化导致脑血栓，应积极治疗心脏疾病，同时治疗脑血栓。