导致龟头疼痛的原因有以下几种：

1.如果包皮过长的男性不注意龟头部位的卫生，可能会引起包皮龟头炎，就可导致龟头疼痛。如果男性存在包茎，由于包皮口较狭窄，阴茎不能外露，会对龟头部位造成挤压，也会产生疼痛。

2.如果男性在手淫时或者性生活时用力过大，导致龟头局部出现了损伤，就可引起龟头疼痛。

3.男性患有尿道结石时，结石会卡在尿道当中。会对周围的组织造成损伤，会导致龟头出现放射性疼痛，可通过泌尿系统CT等检查确诊。