菌痢的诊断要根据临床症状及相关的化验室检查来确诊 。急性菌痢的患儿几乎所有首先出现的表现都是发热，但是发热的温度是不一样的，一般情况下温度高的比较多见。

在发热的同时相继还可能会相继出现胃肠道，比如腹泻或腹痛、腹泻频繁，每日可多达10～30次，但粪便的量不是特别多。

典型的粪便为脓性或脓血便也可为粘液便，婴儿甚至仅表现为消化不良性的大便。腹痛部位可能在脐周或左下腹是阵发性的。腹痛出现的同时伴有便意，排便完毕又想排便，总有排不尽的感觉，这种情况称为“里急后重”见于年长儿，婴儿则少见。